Что бы срыть товар с количеством на складе 0, нужно применить фильтр к компоненту catalog.section. Сделать это можно в файле шаблон/components/bitrix/catalog/template1/section.php дописав следующий код перед вызовом компонента:
$GLOBALS['arrFilter'] = array( ">CATALOG_QUANTITY" => 0 );
Ссылки на информацию по фильтрам: dev.1c-bitrix.ru/api_help
www.bitrix-help.ru
dev.1c-bitrix.ru/api_help
dev.1c-bitrix.ru/community